反滲透設備主體的安裝主要就是膜元件的安裝以及管道連接。為了使膜元件和膜殼之間連接的精密，在裝填反滲透膜元件時須在有密封圈的一段涂些許凡士林或起潤滑作用的材料。這樣便于反滲透膜元件的整體裝入，也有效的起到了密封的作用。傳統的膜與膜之間的連接需要加裝連續接件，注意在連接處不要涂抹太多凡士林，涂抹太多將可能因此系統運行后的膜元件污染。

反滲透設備安裝過程中應注意的問題

保安過濾器安裝過程中應注意檢查濾芯及密封件的完好情況，防止出現給水不經過濾芯直接進入反滲透的短流情況。
安裝膜元件前應檢查端蓋和外殼的完好情況，防止將不合格的膜元件裝入壓力容器。
安裝膜元件前確保預處理出水合格，并對壓力容器進行徹底清理和沖洗。
安裝膜元件時需要注意潤滑劑的使用，一般推薦使用甘油或者與膜元件相應的表面活性劑（一般為陰離子表面活性劑，常用洗滌劑代替），切忌使用相反劑型的表面活性劑，否則可能導致膜元件的污堵。如果都沒有，用合格的預處理水潤濕也可以。
安裝時注意記錄每根壓力容器所安裝膜元件的編號及順序。反滲透膜元件雖然是定型的產品，但每個膜的長度還是有1mm左右的差異，所以要填裝時對每個膜上的編號要記錄下相應的長度，所以每根壓力容器里面的總的膜元件長度是差異的。應用這些墊片進行校成統一，以免長度不同，引起反滲透膜元件間有孔隙而是出水水質有影響。
注意反滲透膜元件上標明箭頭的方向應與水流方向一致，安裝中推動膜元件的方向也應與水流方向一致。
安裝中不得野蠻施工，安裝困難時，可使用橡皮錘或其他軟質工具。
安裝中注意保存原廠多余的連接件和密封件。

反滲透設備調試中應注意的問題

濾料的預處理：
對過濾器內的濾料進行酸堿預處理，能大大縮短出水水質合格的時間，防止濾料表面的附著物在運行中不斷釋放影響出水質量。在預處理時應充分考慮出水裝置的耐蝕能力，在預處理后運行一段時間出現跑濾料的情況，處理起來相當困難，需將濾料全部清理出來中心篩分。
反洗強度的調試應已設計值為基礎，根據實際情況確定。
預處理出水的各項指標均合格后方可進行反滲透調試。
反滲透設備初次啟動前的沖洗時間應足夠長，確保膜元件內保護液沖洗干凈后方可啟動。
初次啟動時的回收率可適當降低，以減小反滲透膜元件的負擔，當出水水質穩定后，恢復正常運行值。